大永6年（1526）-天正10年（1582）

安宅氏は、淡路水軍を率いた淡路の国人衆。紀州熊野出身で、観応元年（1350）、足利2代将軍義詮により沼島の海賊退治を命じられ、淡路島に土着しました。その後は、淡路国守護細川氏の家臣として、徐々に勢力を拡大していきます。

永正16年（1519）、淡路国守護細川尚春が三好之長に討たれ淡路守護が滅びると、安宅氏は淡路各地に城を築き、その主な城は「安宅八家衆」の城と呼ばれました。洲本城もそのひとつに数えられています。

天文18年（1549）、安宅氏は三好長慶の弟である冬康を養子に迎えます。それ以後三好氏とともに畿内を転戦し、三好政権を支えていきます。永禄7年（1564）、長慶は家臣の松永久秀の讒言により冬康を誅殺します。冬康亡き後、その子らが淡路水軍を率いますが、天正9年（1581）、織田信長の命により羽柴秀吉が淡路攻めを行われます。この時、安宅氏など淡路の国人衆は、悉く降伏したと伝わっており、安宅氏は歴史の表舞台から姿を消すことになります。

天正10年（1582）-天正13年（1585）

本能寺の変後の天正10年（1582）、仙石秀久が5万石で洲本城に入城、秀吉の家臣としてはじめて国持大名となりました。天正13年（1585）、秀久は四国攻めの功により讃岐転封となります。

安宅氏、仙石氏時代の洲本城の姿は、今のところよくわかっていません。本格的な洲本城普請は、次の城主を待つことになります。

天正13年（1585）-慶長14年（1609）

天正13年（1585）、賤ケ岳七本槍のひとり脇坂安治が3万石で洲本城に入城します。安治は、秀吉の大坂城を守るため、洲本城を東西800ｍ、下の城まで含むと南北600ｍ、2条の登り石垣を持つ広大な堅城に改修しました。また安治は、淡路水軍を率いて九州攻め、小田原攻め、文禄・慶長の役に参戦しています。秀吉亡き後の関ケ原の戦いでは、当初西軍として参加するも、途中で東軍に寝返り、徳川家康より本領安堵されました。

　慶長14年（1609）、伊予大洲に転封となります。脇坂治世は24年間に及び、城とともに城下町も整備され、現在の市街地の基礎がこの時誕生しました。

慶長14年（1609）

脇坂氏転封後、洲本城は藤堂高虎の預かりとなりました。高虎自身は洲本城に在城せず代官が派遣されました。

慶長15年（1610）-元和元年（1615）

慶長15年（1610）、徳川家康の娘婿である池田輝政に淡路一国が与えられます。輝政は、洲本城を使用せず、岩屋の絵島ヶ岡に新たに城を築きます。慶長18年（1613）、淡路一国が輝政の三男忠雄に与えられ新たに由良に城を築きます。

明石海峡、紀淡海峡に面した場所に城を築き、豊臣大坂城に入る船を監視していたと考えられています。元和元年（1615）、忠雄の兄が相次いで亡くなったため、池田家を継ぐため、備前岡山藩に戻りました。
※洲本城は使用せず

元和元年（1615）-明治3年（1870）

　元和元年（1615）、大坂の陣の功により、淡路一国が蜂須賀至鎮に加増されます。当初は、池田氏が築いた由良城に城代を派遣し、蜂須賀氏の淡路統治がはじまります。しかし、交通の便が悪いなどの理由から、幕府の許可を得て城と町を洲本に移す「由良引け」が寛永8年（1631）から約4年の歳月をかけて行われました。これにより、洲本は約4半世紀ぶりに淡路の都に復することになりました。

　蜂須賀氏は、三熊山山上の洲本城は使用せず、山麓に御殿（洲本城下の城）を築き淡路統治の拠点としました。至鎮の子、忠英時代に築かれた御殿の一部が「金天閣」として洲本八幡神社境内に移築され、兵庫県の文化財に指定されています。

城下町の引っ越し「由良引け」を主導したのは、徳島藩筆頭家老稲田氏です。稲田氏は、天正13年（1585）の蜂須賀氏の阿波入国時に、阿波九城の一角である脇城主として阿波国に入ります。その後、由良引けを主導し、主に淡路支配を任されました。その石高は1万4500石を超え、大名並みの所領を有した稲田家は、洲本城代や洲本仕置を務めました。

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